学校建立以应用经济学为龙头，开放型经济学科群为特色，经、管、文、法、理、工协调发展的学科布局，现有一级学科博士点1个（应用经济学），应用经济学、工商管理、法学、外国语言文学、理论经济学、统计学和马克思主义理论等一级学科硕士点7个，专业硕士授予类别13个，上海高校高峰高原学科2个（应用经济学、工商管理）、上海市重点学科2个、上海市教育委员会重点学科5个。应用经济学进入软科排名前15%，2个一级学科入选上海高校博士学位点培优计划专项，6个专业学位点入选上海高校硕士学位点培优计划专项。现有省部级重点研究基地10个、上海高校智库3个、教育部备案的国别和区域研究中心5个，与海关总署共建“全球贸易分析监测中心”，着力打造国际经贸创新与治理研究院等中国特色新型高校智库，2个智库分别入选CTTI高校智库百强榜单（全国“A区高校智库”）和“一带一路”国际合作智库委员会中方成员单位。

2017年12月28日，教育部学位与研究生教育发展中心全国第四轮学科评估结果公布。学校应用经济学、工商管理、外国语言文学、法学等四个一级学科排名均有提升。

学校高度重视学科建设的引领作用及学科建设服务于国家与上海市发展战略的重大需求导向，不断提升服务国家和上海经济社会发展、培养高质量人才、提供智库支撑的能力。学校以服务国家和上海对外经贸发展战略的应用性研究为科学研究主攻方向，在世界贸易组织和多边贸易体制、中国对外贸易政策等研究领域取得了一批重要的研究成果，为国家和上海经济社会的发展提供决策咨询。上海市政府的“上海WTO事务咨询中心”，商务部和上海市政府共建的“全球贸易投资研究咨询中心”均设立在本校。作为中国（上海）自由贸易试验区协同创新中心协同高校和国家发改委 “一带一路”协同高校，学校在自贸区建设和“一带一路”建设、自由贸易港等领域具备较强的研究能力。